さて前記の問題に関してサーバー業者から回答が返ってきた。

.../htdocs/bin/lib/MT/FileMgr/
上記に御座います「Local.pm」の140行目を以下のように編集して下さい。

[変更前]
return $ctx->digest ne Digest::MD5::md5($data);

[変更後]
#return $ctx->digest ne Digest::MD5::md5($data);
return $data;

これをすることで確かに問題はなくなった。
しかしこれがどういう意味をなすものなのかはプログラムに関する知識が乏しいオレとしてはわからない。